أثناء الحرب اللبنانية، أُجريت دراسة حول الواقع الصحي في منطقة الضاحية الجنوبية لبيروت تبين من خلالها حاجة أبناء المنطقة إلى مراكز صحية إضافية. عام 1989، قرر رئيس جمعية المبرات سماحة آية الله العظمى السيد محمد حسين فضل الله تأسيس مستشفى يلبي هذه الحاجة ويوفر العناية الأفضل لأبناء المنطقة من خلال تجهيزه بالتقنيات الطبية الحديثة والإستعانة بالجهاز البشري الكفء و الفعال.
تأسس المستشفى بالتعاون مع مؤسسة بهمن الخيرية برأسمال 18.000000 $. بدأت عملية البناء عام 1990 وفتح المستشفى أبوابه في الأول من آذار 1999 مع الأقسام الخارجية كالأشعة والمختبر، ثم جرى افتتاح أقسام الإستشفاء الداخلية تدريجياً ابتداءً من أيلول من العام نفسه. على مدى السنوات التالية، زادت سعة المستشفى ليضم 200 سرير.